Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
USP47Q96K76 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
USP47Q96K76 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
USP47Q96K76 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
USP47Q96K76 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.7■■■■□ 3.47
USP47Q96K76 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC36.67■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.67■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.66■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.65■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.65■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.65■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC36.65■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC36.65■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC36.64■■■■□ 3.46
USP47Q96K76 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC36.63■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC36.62■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC36.62■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.61■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC36.61■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC36.59■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.45
USP47Q96K76 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC36.55■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC36.53■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC36.52■■■■□ 3.44
USP47Q96K76 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC36.49■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC36.49■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC36.48■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC36.47■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC36.46■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC36.45■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC36.45■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
USP47Q96K76 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.44■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC36.41■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC36.41■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.39■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
USP47Q96K76 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC36.36■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC36.34■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC36.33■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC36.33■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.41
USP47Q96K76 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC36.32■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC36.32■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC36.3■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
USP47Q96K76 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms