Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SKA3Q8IX90 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SKA3Q8IX90 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SKA3Q8IX90 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SKA3Q8IX90 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SKA3Q8IX90 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms