Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CLDN3O15551 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CLDN3O15551 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CLDN3O15551 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CLDN3O15551 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms