Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CLDN3O15551 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CLDN3O15551 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CLDN3O15551 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC36.39■■■■□ 3.42
CLDN3O15551 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
CLDN3O15551 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
CLDN3O15551 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
CLDN3O15551 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CLDN3O15551 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.47■■■■□ 3.27
CLDN3O15551 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
CLDN3O15551 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC35.4■■■■□ 3.26
CLDN3O15551 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
CLDN3O15551 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
CLDN3O15551 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC35.01■■■■□ 3.19
CLDN3O15551 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CLDN3O15551 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC34.81■■■■□ 3.16
CLDN3O15551 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.76■■■■□ 3.16
CLDN3O15551 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CLDN3O15551 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.13
CLDN3O15551 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC34.5■■■■□ 3.11
CLDN3O15551 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CLDN3O15551 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC34.09■■■■□ 3.05
CLDN3O15551 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CLDN3O15551 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CLDN3O15551 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
CLDN3O15551 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CLDN3O15551 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CLDN3O15551 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CLDN3O15551 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CLDN3O15551 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CLDN3O15551 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CLDN3O15551 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CLDN3O15551 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC33.57■■■□□ 2.96
CLDN3O15551 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CLDN3O15551 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CLDN3O15551 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CLDN3O15551 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
CLDN3O15551 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CLDN3O15551 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
CLDN3O15551 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
CLDN3O15551 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CLDN3O15551 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CLDN3O15551 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CLDN3O15551 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CLDN3O15551 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
CLDN3O15551 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CLDN3O15551 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CLDN3O15551 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
CLDN3O15551 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
CLDN3O15551 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
CLDN3O15551 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
CLDN3O15551 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
CLDN3O15551 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
CLDN3O15551 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
CLDN3O15551 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
CLDN3O15551 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC32.71■■■□□ 2.83
CLDN3O15551 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
CLDN3O15551 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CLDN3O15551 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CLDN3O15551 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC32.59■■■□□ 2.81
CLDN3O15551 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CLDN3O15551 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CLDN3O15551 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.78
CLDN3O15551 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC32.44■■■□□ 2.78
CLDN3O15551 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
CLDN3O15551 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
CLDN3O15551 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
CLDN3O15551 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
CLDN3O15551 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC32.34■■■□□ 2.77
CLDN3O15551 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
CLDN3O15551 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.31■■■□□ 2.76
CLDN3O15551 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CLDN3O15551 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
CLDN3O15551 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CLDN3O15551 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
CLDN3O15551 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
CLDN3O15551 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CLDN3O15551 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CLDN3O15551 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CLDN3O15551 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CLDN3O15551 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
CLDN3O15551 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CLDN3O15551 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC31.91■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.9■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CLDN3O15551 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CLDN3O15551 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CLDN3O15551 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
CLDN3O15551 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CLDN3O15551 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
CLDN3O15551 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC31.72■■■□□ 2.67
CLDN3O15551 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CLDN3O15551 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CLDN3O15551 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC31.66■■■□□ 2.66
CLDN3O15551 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
CLDN3O15551 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC31.64■■■□□ 2.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms