Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
CCDC39Q9UFE4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CCDC39Q9UFE4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.97■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CCDC39Q9UFE4 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.95■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.93■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CCDC39Q9UFE4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC29.87■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
CCDC39Q9UFE4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC39Q9UFE4 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms