Protein–RNA interactions for Protein: O00635

TRIM38, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM38, humanhuman

Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM38O00635 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM38O00635 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM38O00635 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM38O00635 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM38O00635 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM38O00635 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
TRIM38O00635 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM38O00635 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
TRIM38O00635 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
TRIM38O00635 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM38O00635 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms