Protein–RNA interactions for Protein: Q9HD42

CHMP1A, Charged multivesicular body protein 1a, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 196 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP1AQ9HD42 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHMP1AQ9HD42 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
CHMP1AQ9HD42 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHMP1AQ9HD42 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP1AQ9HD42 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP1AQ9HD42 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms