Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
USP4Q13107 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP4Q13107 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP4Q13107 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP4Q13107 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP4Q13107 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP4Q13107 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP4Q13107 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP4Q13107 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP4Q13107 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP4Q13107 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP4Q13107 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP4Q13107 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP4Q13107 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP4Q13107 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP4Q13107 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP4Q13107 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP4Q13107 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP4Q13107 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP4Q13107 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP4Q13107 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP4Q13107 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP4Q13107 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP4Q13107 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP4Q13107 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP4Q13107 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP4Q13107 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP4Q13107 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP4Q13107 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP4Q13107 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
USP4Q13107 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP4Q13107 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP4Q13107 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP4Q13107 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP4Q13107 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP4Q13107 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP4Q13107 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP4Q13107 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP4Q13107 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP4Q13107 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP4Q13107 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP4Q13107 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
USP4Q13107 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP4Q13107 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP4Q13107 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP4Q13107 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP4Q13107 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP4Q13107 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP4Q13107 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP4Q13107 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP4Q13107 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP4Q13107 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP4Q13107 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP4Q13107 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
USP4Q13107 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP4Q13107 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP4Q13107 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP4Q13107 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP4Q13107 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
USP4Q13107 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP4Q13107 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP4Q13107 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
USP4Q13107 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP4Q13107 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP4Q13107 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP4Q13107 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP4Q13107 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
USP4Q13107 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP4Q13107 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP4Q13107 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP4Q13107 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP4Q13107 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP4Q13107 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP4Q13107 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP4Q13107 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP4Q13107 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP4Q13107 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP4Q13107 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP4Q13107 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP4Q13107 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP4Q13107 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP4Q13107 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP4Q13107 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP4Q13107 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP4Q13107 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP4Q13107 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP4Q13107 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
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