Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J238

TRAV1-2, T-cell receptor alpha variable 1-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 106 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAV1-2A0A0B4J238 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TRAV1-2A0A0B4J238 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
TRAV1-2A0A0B4J238 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRAV1-2A0A0B4J238 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TRAV1-2A0A0B4J238 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRAV1-2A0A0B4J238 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRAV1-2A0A0B4J238 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms