Protein–RNA interactions for Protein: Q9BTX1

NDC1, Nucleoporin NDC1, humanhuman

Predictions only

Length 674 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NDC1Q9BTX1 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
NDC1Q9BTX1 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
NDC1Q9BTX1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
NDC1Q9BTX1 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NDC1Q9BTX1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
NDC1Q9BTX1 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NDC1Q9BTX1 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
NDC1Q9BTX1 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NDC1Q9BTX1 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms