Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TRIM40Q6P9F5 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
TRIM40Q6P9F5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
TRIM40Q6P9F5 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
TRIM40Q6P9F5 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
TRIM40Q6P9F5 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TRIM40Q6P9F5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
TRIM40Q6P9F5 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TRIM40Q6P9F5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TRIM40Q6P9F5 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms