Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
CCDC40Q4G0X9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC40Q4G0X9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
CCDC40Q4G0X9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC40Q4G0X9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC40Q4G0X9 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC40Q4G0X9 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC40Q4G0X9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC40Q4G0X9 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC40Q4G0X9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC40Q4G0X9 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC40Q4G0X9 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC40Q4G0X9 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC40Q4G0X9 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC40Q4G0X9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC40Q4G0X9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CCDC40Q4G0X9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 128.1 ms