Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
CCDC88AQ3V6T2 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88AQ3V6T2 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
CCDC88AQ3V6T2 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC34.12■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.05
CCDC88AQ3V6T2 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC34.06■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC34.03■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC34.02■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
CCDC88AQ3V6T2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
CCDC88AQ3V6T2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CCDC88AQ3V6T2 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CCDC88AQ3V6T2 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CCDC88AQ3V6T2 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88AQ3V6T2 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88AQ3V6T2 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CCDC88AQ3V6T2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CCDC88AQ3V6T2 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CCDC88AQ3V6T2 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
CCDC88AQ3V6T2 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88AQ3V6T2 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC33.7■■■□□ 2.99
CCDC88AQ3V6T2 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
CCDC88AQ3V6T2 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
CCDC88AQ3V6T2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
CCDC88AQ3V6T2 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC33.46■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
CCDC88AQ3V6T2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms