Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL4A4P53420 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL4A4P53420 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL4A4P53420 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL4A4P53420 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
COL4A4P53420 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC29.65■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL4A4P53420 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL4A4P53420 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL4A4P53420 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL4A4P53420 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL4A4P53420 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL4A4P53420 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL4A4P53420 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL4A4P53420 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL4A4P53420 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms