Protein–RNA interactions for Protein: P40938

RFC3, Replication factor C subunit 3, humanhuman

Predictions only

Length 356 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFC3P40938 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
RFC3P40938 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
RFC3P40938 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
RFC3P40938 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
RFC3P40938 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
RFC3P40938 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
RFC3P40938 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
RFC3P40938 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
RFC3P40938 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
RFC3P40938 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
RFC3P40938 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
RFC3P40938 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
RFC3P40938 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
RFC3P40938 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
RFC3P40938 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
RFC3P40938 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
RFC3P40938 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
RFC3P40938 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
RFC3P40938 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
RFC3P40938 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
RFC3P40938 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
RFC3P40938 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
RFC3P40938 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
RFC3P40938 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
RFC3P40938 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
RFC3P40938 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
RFC3P40938 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
RFC3P40938 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RFC3P40938 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RFC3P40938 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RFC3P40938 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
RFC3P40938 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
RFC3P40938 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RFC3P40938 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RFC3P40938 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RFC3P40938 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RFC3P40938 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RFC3P40938 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RFC3P40938 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RFC3P40938 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RFC3P40938 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RFC3P40938 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RFC3P40938 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RFC3P40938 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RFC3P40938 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RFC3P40938 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RFC3P40938 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RFC3P40938 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
RFC3P40938 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
RFC3P40938 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
RFC3P40938 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RFC3P40938 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
RFC3P40938 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
RFC3P40938 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RFC3P40938 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RFC3P40938 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RFC3P40938 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
RFC3P40938 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RFC3P40938 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RFC3P40938 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
RFC3P40938 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RFC3P40938 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
RFC3P40938 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
RFC3P40938 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
RFC3P40938 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RFC3P40938 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
RFC3P40938 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RFC3P40938 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RFC3P40938 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RFC3P40938 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
RFC3P40938 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RFC3P40938 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RFC3P40938 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
RFC3P40938 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
RFC3P40938 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RFC3P40938 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RFC3P40938 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RFC3P40938 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
RFC3P40938 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RFC3P40938 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RFC3P40938 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RFC3P40938 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
RFC3P40938 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RFC3P40938 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RFC3P40938 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RFC3P40938 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RFC3P40938 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RFC3P40938 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RFC3P40938 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFC3P40938 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFC3P40938 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFC3P40938 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFC3P40938 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RFC3P40938 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms