Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH3P20585 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH3P20585 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
MSH3P20585 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
MSH3P20585 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
MSH3P20585 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
MSH3P20585 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH3P20585 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH3P20585 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH3P20585 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
MSH3P20585 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
MSH3P20585 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
MSH3P20585 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSH3P20585 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSH3P20585 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
MSH3P20585 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
MSH3P20585 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH3P20585 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH3P20585 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH3P20585 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
MSH3P20585 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
MSH3P20585 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
MSH3P20585 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
MSH3P20585 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
MSH3P20585 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
MSH3P20585 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
MSH3P20585 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
MSH3P20585 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
MSH3P20585 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
MSH3P20585 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
MSH3P20585 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSH3P20585 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSH3P20585 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
MSH3P20585 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
MSH3P20585 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
MSH3P20585 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH3P20585 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH3P20585 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH3P20585 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
MSH3P20585 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
MSH3P20585 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH3P20585 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH3P20585 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH3P20585 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
MSH3P20585 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
MSH3P20585 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
MSH3P20585 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH3P20585 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
MSH3P20585 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
MSH3P20585 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
MSH3P20585 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
MSH3P20585 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
MSH3P20585 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSH3P20585 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSH3P20585 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
MSH3P20585 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH3P20585 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH3P20585 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
MSH3P20585 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH3P20585 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH3P20585 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH3P20585 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
MSH3P20585 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH3P20585 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH3P20585 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
MSH3P20585 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSH3P20585 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSH3P20585 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSH3P20585 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
MSH3P20585 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSH3P20585 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
MSH3P20585 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
MSH3P20585 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH3P20585 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH3P20585 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
MSH3P20585 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
MSH3P20585 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
MSH3P20585 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
MSH3P20585 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
MSH3P20585 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
MSH3P20585 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
MSH3P20585 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
MSH3P20585 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH3P20585 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH3P20585 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH3P20585 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
MSH3P20585 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
MSH3P20585 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
MSH3P20585 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
MSH3P20585 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH3P20585 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH3P20585 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH3P20585 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
MSH3P20585 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MSH3P20585 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSH3P20585 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSH3P20585 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
MSH3P20585 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSH3P20585 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
MSH3P20585 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms