Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL4A1P02462 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
COL4A1P02462 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL4A1P02462 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
COL4A1P02462 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC33.82■■■■□ 3
COL4A1P02462 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
COL4A1P02462 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
COL4A1P02462 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
COL4A1P02462 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.76■■■■□ 3
COL4A1P02462 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC33.72■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
COL4A1P02462 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL4A1P02462 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL4A1P02462 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL4A1P02462 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL4A1P02462 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC33.45■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL4A1P02462 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.43■■■□□ 2.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.5 ms