Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USH1CQ9Y6N9 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USH1CQ9Y6N9 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USH1CQ9Y6N9 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USH1CQ9Y6N9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USH1CQ9Y6N9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USH1CQ9Y6N9 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USH1CQ9Y6N9 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USH1CQ9Y6N9 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USH1CQ9Y6N9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USH1CQ9Y6N9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USH1CQ9Y6N9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USH1CQ9Y6N9 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USH1CQ9Y6N9 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
USH1CQ9Y6N9 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USH1CQ9Y6N9 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USH1CQ9Y6N9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms