Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y296

TRAPPC4, Trafficking protein particle complex subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 219 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAPPC4Q9Y296 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRAPPC4Q9Y296 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TRAPPC4Q9Y296 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
TRAPPC4Q9Y296 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
TRAPPC4Q9Y296 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
TRAPPC4Q9Y296 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRAPPC4Q9Y296 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
TRAPPC4Q9Y296 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TRAPPC4Q9Y296 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRAPPC4Q9Y296 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAPPC4Q9Y296 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAPPC4Q9Y296 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAPPC4Q9Y296 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAPPC4Q9Y296 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAPPC4Q9Y296 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRAPPC4Q9Y296 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRAPPC4Q9Y296 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TRAPPC4Q9Y296 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TRAPPC4Q9Y296 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRAPPC4Q9Y296 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TRAPPC4Q9Y296 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TRAPPC4Q9Y296 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms