Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 FAM19A5-201ENST00000336769 546 ntTSL 411.17□□□□□ -0.622e-6■■■■■ 31.8
CDC40O60508 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.951e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 ZNF444-203ENST00000587195 571 ntTSL 420.38■□□□□ 0.851e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.771e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 ZNF444-206ENST00000587664 568 ntTSL 319.14■□□□□ 0.651e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.571e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.131e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-206ENST00000456380 1697 ntTSL 511.57□□□□□ -0.561e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-214ENST00000487615 4485 ntTSL 1 (best)10.97□□□□□ -0.651e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-204ENST00000414862 710 ntTSL 37.18□□□□□ -1.261e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-209ENST00000466832 2414 ntTSL 25.24□□□□□ -1.571e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-207ENST00000463328 2780 ntTSL 24.5□□□□□ -1.691e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-215ENST00000492417 4141 ntTSL 1 (best)4.23□□□□□ -1.731e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 TRA2B-201ENST00000259043 943 ntTSL 33.43□□□□□ -1.861e-8■■■■■ 31.8
CDC40O60508 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.72e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-217ENST00000527644 968 ntTSL 224.27■■□□□ 1.482e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.322e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.162e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.032e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.032e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-212ENST00000505559 1590 ntTSL 220.61■□□□□ 0.892e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 RTKN-205ENST00000464094 1266 ntTSL 1 (best)20.52■□□□□ 0.882e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 RTKN-209ENST00000484453 820 ntTSL 1 (best)20.42■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TFDP1-208ENST00000544902 1571 ntTSL 220.25■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 KIAA0232-205ENST00000508423 700 ntTSL 219.79■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-210ENST00000560260 1326 ntTSL 1 (best)19.77■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-206ENST00000559389 753 ntTSL 519.69■□□□□ 0.742e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.722e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-219ENST00000530404 818 ntTSL 519.37■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-206ENST00000504265 877 ntTSL 219.35■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 RANBP1-213ENST00000486575 2177 ntTSL 219.32■□□□□ 0.682e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.612e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-213ENST00000505656 975 ntTSL 518.12■□□□□ 0.492e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.492e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-204ENST00000540721 1308 ntTSL 218.04■□□□□ 0.482e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-221ENST00000512181 1456 ntTSL 217.74■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-206ENST00000417852 651 ntTSL 217.47■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.382e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-215ENST00000525334 860 ntTSL 317.04■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-216ENST00000526055 469 ntTSL 216.99■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-210ENST00000464987 2205 ntTSL 516.9■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-208ENST00000438610 2144 ntTSL 1 (best)16.89■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-212ENST00000565062 1394 ntTSL 216.42■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-217ENST00000568705 659 ntTSL 316.18■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.182e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SKIV2L-211ENST00000485349 734 ntTSL 215.76■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-207ENST00000430040 1006 ntTSL 315.59■□□□□ 0.092e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-210ENST00000481012 987 ntTSL 515.54■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-203ENST00000558040 774 ntTSL 515.36■□□□□ 0.052e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-205ENST00000503127 2734 ntTSL 1 (best)15.18■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 PRKAR1B-205ENST00000414568 752 ntTSL 515.1■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -02e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-205ENST00000547566 1234 ntTSL 1 (best)15□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.96□□□□□ -0.012e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-217ENST00000511347 1035 ntTSL 514.73□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-225ENST00000515619 818 ntTSL 514.71□□□□□ -0.052e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 RTKN-208ENST00000479256 564 ntTSL 514.68□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MAD1L1-215ENST00000464742 449 ntTSL 514.67□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 B3GNTL1-205ENST00000571394 774 ntTSL 314.63□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.082e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-213ENST00000524895 401 ntTSL 414.42□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 NDUFAB1-203ENST00000562133 503 ntTSL 214.32□□□□□ -0.122e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-228ENST00000635113 1706 ntTSL 1 (best)14.24□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-204ENST00000424723 904 ntTSL 1 (best)14.21□□□□□ -0.132e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-203ENST00000537797 1080 ntTSL 214.2□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.172e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-209ENST00000550482 832 ntTSL 213.87□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC13.82□□□□□ -0.22e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TFDP1-201ENST00000375370 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 B3GNTL1-208ENST00000572977 2446 ntTSL 213.1□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 RTKN-207ENST00000472518 1105 ntTSL 1 (best)12.98□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 TSPAN4-220ENST00000532375 518 ntTSL 512.71□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-227ENST00000634597 2587 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 B3GNTL1-201ENST00000320865 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.452e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 NDUFAB1-202ENST00000484769 843 ntTSL 312.22□□□□□ -0.452e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 MAD1L1-222ENST00000491858 494 ntTSL 412.06□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 CLTC-215ENST00000621829 8587 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 GAS8-201ENST00000268699 3185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.482e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 CLTC-202ENST00000393043 5292 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 31.7
CDC40O60508 SPATA20-220ENST00000511937 2669 ntTSL 1 (best)11.81□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 31.7
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