RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000397396.5

TSPAN4-202, Transcript of tetraspanin 4, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene TSPAN4, Length 1,332 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TSPAN4-202ENST00000397396 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.05■■■■■ 6.4
TSPAN4-202ENST00000397396 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa48.52■■■■■ 5.36
TSPAN4-202ENST00000397396 ABCC9O60706 1549 aa46.28■■■■■ 5
TSPAN4-202ENST00000397396 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.12■■■■■ 4.97
TSPAN4-202ENST00000397396 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.69■■■■■ 4.9
TSPAN4-202ENST00000397396 MYO15BQ96JP2 1530 aa45.49■■■■■ 4.87
TSPAN4-202ENST00000397396 DCAF8L2P0C7V8 631 aa45.45■■■■■ 4.87
TSPAN4-202ENST00000397396 NACADO15069 1562 aa45.35■■■■■ 4.85
TSPAN4-202ENST00000397396 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa45.13■■■■■ 4.82
TSPAN4-202ENST00000397396 SCRIBQ14160 1630 aa44.27■■■■■ 4.68
TSPAN4-202ENST00000397396 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa44.05■■■■■ 4.64
TSPAN4-202ENST00000397396 UNC13AQ9UPW8 1703 aa43.98■■■■■ 4.63
TSPAN4-202ENST00000397396 BICRAQ9NZM4 1560 aa43.6■■■■■ 4.57
TSPAN4-202ENST00000397396 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP43.38■■■■■ 4.535e-10■■■□□ 17.3
TSPAN4-202ENST00000397396 CECR2Q9BXF3 1484 aa42.66■■■■■ 4.42
TSPAN4-202ENST00000397396 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP42.66■■■■■ 4.42
TSPAN4-202ENST00000397396 SMARCA4P51532 1647 aa42.48■■■■■ 4.39
TSPAN4-202ENST00000397396 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP42.42■■■■■ 4.38
TSPAN4-202ENST00000397396 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.38■■■■■ 4.38
TSPAN4-202ENST00000397396 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.33■■■■■ 4.37
TSPAN4-202ENST00000397396 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.09■■■■■ 4.33
TSPAN4-202ENST00000397396 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP42.05■■■■■ 4.32
TSPAN4-202ENST00000397396 SMARCA2P51531 1590 aa42.04■■■■■ 4.32
TSPAN4-202ENST00000397396 WIZO95785 1651 aa41.98■■■■■ 4.31
TSPAN4-202ENST00000397396 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa41.96■■■■■ 4.31
TSPAN4-202ENST00000397396 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa41.94■■■■■ 4.3
TSPAN4-202ENST00000397396 NCAPD3P42695 1498 aa41.79■■■■■ 4.28
TSPAN4-202ENST00000397396 HMGXB3Q12766 1538 aa41.74■■■■■ 4.27
TSPAN4-202ENST00000397396 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP41.72■■■■■ 4.27
TSPAN4-202ENST00000397396 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.71■■■■■ 4.27
TSPAN4-202ENST00000397396 DNAJC5BQ9UF47 199 aa41.46■■■■■ 4.23
TSPAN4-202ENST00000397396 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.13■■■■■ 4.18
TSPAN4-202ENST00000397396 CADPSQ9ULU8 1353 aa40.63■■■■■ 4.09
TSPAN4-202ENST00000397396 CFTRP13569 1480 aa40.62■■■■■ 4.09
TSPAN4-202ENST00000397396 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa40.55■■■■■ 4.08
TSPAN4-202ENST00000397396 PRDM2Q13029 1718 aa40.44■■■■■ 4.06
TSPAN4-202ENST00000397396 NESP48681 1621 aa40.34■■■■■ 4.05
TSPAN4-202ENST00000397396 PDS5BQ9NTI5 1447 aa40.25■■■■■ 4.03
TSPAN4-202ENST00000397396 FANCD2Q9BXW9 1451 aa40.17■■■■■ 4.02
TSPAN4-202ENST00000397396 CEP164Q9UPV0 1460 aa40.04■■■■■ 4
TSPAN4-202ENST00000397396 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa39.94■■■■□ 3.98
TSPAN4-202ENST00000397396 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.94■■■■□ 3.98
TSPAN4-202ENST00000397396 ABCC8Q09428 1581 aa39.93■■■■□ 3.98
TSPAN4-202ENST00000397396 CHIC1Q5VXU3 224 aa39.91■■■■□ 3.98
TSPAN4-202ENST00000397396 ERCC6Q03468 1493 aa39.9■■■■□ 3.98
TSPAN4-202ENST00000397396 MRC2Q9UBG0 1479 aa39.74■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 TRIM41Q8WV44 630 aa39.73■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 TOP2BQ02880 1626 aa39.73■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 DNMBPQ6XZF7 1577 aa39.73■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.71■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 SYNJ1O43426 1573 aa39.71■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 CUX1P39880 1505 aa39.71■■■■□ 3.95
TSPAN4-202ENST00000397396 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP39.65■■■■□ 3.94
TSPAN4-202ENST00000397396 TOPBP1Q92547 1522 aa39.64■■■■□ 3.94
TSPAN4-202ENST00000397396 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP39.57■■■■□ 3.93
TSPAN4-202ENST00000397396 WDR62O43379 1518 aa39.57■■■■□ 3.92
TSPAN4-202ENST00000397396 FGD5Q6ZNL6 1462 aa39.44■■■■□ 3.9
TSPAN4-202ENST00000397396 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP39.38■■■■□ 3.89
TSPAN4-202ENST00000397396 SOGA1O94964 1423 aa39.23■■■■□ 3.87
TSPAN4-202ENST00000397396 IFT140Q96RY7 1462 aa39.17■■■■□ 3.86
TSPAN4-202ENST00000397396 CUX2O14529 1486 aa39.15■■■■□ 3.86
TSPAN4-202ENST00000397396 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.15■■■■□ 3.86
TSPAN4-202ENST00000397396 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa39.13■■■■□ 3.85
TSPAN4-202ENST00000397396 EEA1Q15075 1411 aa39.11■■■■□ 3.85
TSPAN4-202ENST00000397396 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP39.09■■■■□ 3.85
TSPAN4-202ENST00000397396 WDR97A6NE52 1622 aa39.06■■■■□ 3.84
TSPAN4-202ENST00000397396 KIF27Q86VH2 1401 aa39.05■■■■□ 3.84
TSPAN4-202ENST00000397396 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa38.88■■■■□ 3.81
TSPAN4-202ENST00000397396 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa38.85■■■■□ 3.81
TSPAN4-202ENST00000397396 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP38.81■■■■□ 3.8
TSPAN4-202ENST00000397396 GAPVD1Q14C86 1478 aa38.81■■■■□ 3.8
TSPAN4-202ENST00000397396 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP38.79■■■■□ 3.8
TSPAN4-202ENST00000397396 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP38.77■■■■□ 3.8
TSPAN4-202ENST00000397396 CSRNP3Q8WYN3 585 aa38.76■■■■□ 3.8
TSPAN4-202ENST00000397396 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP38.75■■■■□ 3.79
TSPAN4-202ENST00000397396 ERICH3Q5RHP9 1530 aa38.73■■■■□ 3.79
TSPAN4-202ENST00000397396 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP38.7■■■■□ 3.794e-8■■■■■ 31.9
TSPAN4-202ENST00000397396 GRIN2BQ13224 1484 aa38.69■■■■□ 3.78
TSPAN4-202ENST00000397396 IGF1RP08069 1367 aa38.66■■■■□ 3.78
TSPAN4-202ENST00000397396 PBRM1Q86U86 1689 aa38.65■■■■□ 3.78
TSPAN4-202ENST00000397396 CUL7Q14999 1698 aa38.61■■■■□ 3.77
TSPAN4-202ENST00000397396 KIF21BO75037 1637 aa38.55■■■■□ 3.76
TSPAN4-202ENST00000397396 PRXQ9BXM0 1461 aa38.53■■■■□ 3.76
TSPAN4-202ENST00000397396 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa38.49■■■■□ 3.75
TSPAN4-202ENST00000397396 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP38.49■■■■□ 3.75
TSPAN4-202ENST00000397396 FHAD1B1AJZ9 1412 aa38.44■■■■□ 3.74
TSPAN4-202ENST00000397396 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa38.44■■■■□ 3.74
TSPAN4-202ENST00000397396 ADAMTS12P58397 1594 aa38.43■■■■□ 3.74
TSPAN4-202ENST00000397396 GOLGA3Q08378 1498 aa38.43■■■■□ 3.74
TSPAN4-202ENST00000397396 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa38.42■■■■□ 3.74
TSPAN4-202ENST00000397396 SYNJ2O15056 1496 aa38.3■■■■□ 3.72
TSPAN4-202ENST00000397396 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa38.18■■■■□ 3.7
TSPAN4-202ENST00000397396 GRIN2AQ12879 1464 aa38.17■■■■□ 3.7
TSPAN4-202ENST00000397396 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP38.16■■■■□ 3.7
TSPAN4-202ENST00000397396 UBTFP17480 764 aaKnown RBP38.15■■■■□ 3.7
TSPAN4-202ENST00000397396 EHMT2Q96KQ7 1210 aa38.13■■■■□ 3.7
TSPAN4-202ENST00000397396 TNIKQ9UKE5 1360 aa38.13■■■■□ 3.69
TSPAN4-202ENST00000397396 FBLN2P98095 1184 aa38.05■■■■□ 3.68
TSPAN4-202ENST00000397396 CHD1O14646 1710 aa38.01■■■■□ 3.68
TSPAN4-202ENST00000397396 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa37.99■■■■□ 3.67
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 62.8 ms