Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMCO3A2RU48 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SMCO3A2RU48 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMCO3A2RU48 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SMCO3A2RU48 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMCO3A2RU48 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SMCO3A2RU48 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SMCO3A2RU48 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SMCO3A2RU48 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SMCO3A2RU48 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SMCO3A2RU48 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms