Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.95■■□□□ 1.74
DDX28Q9NUL7 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
DDX28Q9NUL7 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
DDX28Q9NUL7 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
DDX28Q9NUL7 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
DDX28Q9NUL7 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
DDX28Q9NUL7 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
DDX28Q9NUL7 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
DDX28Q9NUL7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
DDX28Q9NUL7 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
DDX28Q9NUL7 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
DDX28Q9NUL7 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
DDX28Q9NUL7 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
DDX28Q9NUL7 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
DDX28Q9NUL7 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
DDX28Q9NUL7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
DDX28Q9NUL7 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
DDX28Q9NUL7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
DDX28Q9NUL7 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
DDX28Q9NUL7 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
DDX28Q9NUL7 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
DDX28Q9NUL7 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
DDX28Q9NUL7 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
DDX28Q9NUL7 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DDX28Q9NUL7 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
DDX28Q9NUL7 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
DDX28Q9NUL7 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
DDX28Q9NUL7 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
DDX28Q9NUL7 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
DDX28Q9NUL7 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
DDX28Q9NUL7 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
DDX28Q9NUL7 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
DDX28Q9NUL7 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
DDX28Q9NUL7 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
DDX28Q9NUL7 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
DDX28Q9NUL7 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DDX28Q9NUL7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DDX28Q9NUL7 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DDX28Q9NUL7 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
DDX28Q9NUL7 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
DDX28Q9NUL7 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
DDX28Q9NUL7 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX28Q9NUL7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
DDX28Q9NUL7 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
DDX28Q9NUL7 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
DDX28Q9NUL7 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
DDX28Q9NUL7 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
DDX28Q9NUL7 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
DDX28Q9NUL7 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
DDX28Q9NUL7 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
DDX28Q9NUL7 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
DDX28Q9NUL7 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
DDX28Q9NUL7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
DDX28Q9NUL7 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms