Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SHMT2P34897 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
SHMT2P34897 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHMT2P34897 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT2P34897 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHMT2P34897 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHMT2P34897 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
SHMT2P34897 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SHMT2P34897 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SHMT2P34897 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SHMT2P34897 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT2P34897 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT2P34897 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SHMT2P34897 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SHMT2P34897 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SHMT2P34897 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHMT2P34897 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHMT2P34897 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SHMT2P34897 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SHMT2P34897 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SHMT2P34897 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SHMT2P34897 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SHMT2P34897 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SHMT2P34897 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SHMT2P34897 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SHMT2P34897 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SHMT2P34897 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SHMT2P34897 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHMT2P34897 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHMT2P34897 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SHMT2P34897 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SHMT2P34897 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SHMT2P34897 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
SHMT2P34897 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SHMT2P34897 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SHMT2P34897 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SHMT2P34897 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SHMT2P34897 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SHMT2P34897 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SHMT2P34897 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SHMT2P34897 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SHMT2P34897 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
SHMT2P34897 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SHMT2P34897 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
SHMT2P34897 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SHMT2P34897 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SHMT2P34897 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
SHMT2P34897 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SHMT2P34897 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SHMT2P34897 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SHMT2P34897 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT2P34897 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT2P34897 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SHMT2P34897 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms