Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXD9P28356 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
HOXD9P28356 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
HOXD9P28356 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
HOXD9P28356 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXD9P28356 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
HOXD9P28356 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXD9P28356 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
HOXD9P28356 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.85■■■□□ 2.37
HOXD9P28356 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
HOXD9P28356 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXD9P28356 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
HOXD9P28356 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXD9P28356 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.78■■■□□ 2.36
HOXD9P28356 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.71■■■□□ 2.35
HOXD9P28356 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC29.71■■■□□ 2.35
HOXD9P28356 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
HOXD9P28356 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
HOXD9P28356 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
HOXD9P28356 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
HOXD9P28356 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
HOXD9P28356 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
HOXD9P28356 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
HOXD9P28356 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
HOXD9P28356 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
HOXD9P28356 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
HOXD9P28356 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXD9P28356 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
HOXD9P28356 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXD9P28356 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
HOXD9P28356 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXD9P28356 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
HOXD9P28356 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
HOXD9P28356 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXD9P28356 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
HOXD9P28356 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HOXD9P28356 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HOXD9P28356 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HOXD9P28356 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXD9P28356 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXD9P28356 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
HOXD9P28356 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
HOXD9P28356 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
HOXD9P28356 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.26
HOXD9P28356 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
HOXD9P28356 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
HOXD9P28356 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
HOXD9P28356 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
HOXD9P28356 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
HOXD9P28356 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
HOXD9P28356 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXD9P28356 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
HOXD9P28356 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXD9P28356 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
HOXD9P28356 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HOXD9P28356 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
HOXD9P28356 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXD9P28356 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HOXD9P28356 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
HOXD9P28356 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HOXD9P28356 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
HOXD9P28356 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms