Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.561e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.341e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-202ENST00000337526 4790 ntTSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.21e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-206ENST00000394611 4161 ntTSL 1 (best) BASIC8.77□□□□□ -1.011e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-203ENST00000357376 4110 ntTSL 1 (best) BASIC6.79□□□□□ -1.321e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-205ENST00000394609 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.73□□□□□ -1.331e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-209ENST00000405240 4061 ntTSL 1 (best) BASIC3.73□□□□□ -1.811e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RTN4-208ENST00000404909 4102 ntTSL 1 (best) BASIC3.61□□□□□ -1.831e-10■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 CCAR1-216ENST00000543706 869 ntTSL 59.58□□□□□ -0.882e-7■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 CCAR1-218ENST00000630771 4540 ntTSL 5 BASIC7.35□□□□□ -1.232e-7■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 CCAR1-201ENST00000265872 4683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.42e-7■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 CCAR1-217ENST00000543719 3521 ntTSL 5 BASIC4.97□□□□□ -1.612e-7■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 CCAR1-211ENST00000539539 3224 ntTSL 24.01□□□□□ -1.772e-7■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 CCAR1-212ENST00000540210 3415 ntTSL 1 (best)3.56□□□□□ -1.842e-7■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 VIRMA-204ENST00000519001 460 ntTSL 35.69□□□□□ -1.52e-12■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RBM25-205ENST00000527432 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.95□□□□□ -0.981e-6■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RBM25-201ENST00000261973 6910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.42□□□□□ -1.221e-6■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RBM25-212ENST00000532683 6848 ntTSL 1 (best)6.03□□□□□ -1.441e-6■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RBM25-207ENST00000528081 3008 ntTSL 25.85□□□□□ -1.471e-6■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 NRDC-211ENST00000491410 1020 ntTSL 218.49■□□□□ 0.552e-16■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 NRDC-201ENST00000352171 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.12e-16■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 NRDC-202ENST00000354831 3895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.242e-16■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 NRDC-214ENST00000544028 3819 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.292e-16■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 NRDC-210ENST00000485608 3149 ntTSL 26.92□□□□□ -1.32e-16■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 NRDC-213ENST00000539524 3417 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.99□□□□□ -1.452e-16■□□□□ 11.3
CPSF6Q16630 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.433e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.653e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-210ENST00000435265 1879 ntTSL 218.92■□□□□ 0.623e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-207ENST00000423859 832 ntTSL 317.18■□□□□ 0.343e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-205ENST00000418705 932 ntTSL 315.51■□□□□ 0.073e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.063e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.013e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.163e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-203ENST00000411892 584 ntTSL 213.99□□□□□ -0.173e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.213e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RANBP1-211ENST00000448394 688 ntTSL 213.7□□□□□ -0.223e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 AC099811.2-202ENST00000592248 694 ntTSL 310.13□□□□□ -0.793e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 CHD2-229ENST00000637789 904 ntTSL 58.11□□□□□ -1.113e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 AC099811.2-201ENST00000585562 646 ntTSL 38.01□□□□□ -1.133e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 SLTM-216ENST00000558734 589 ntTSL 55.33□□□□□ -1.562e-6■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 ZCRB1-201ENST00000266529 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.324e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 ZCRB1-205ENST00000552673 907 ntTSL 3 BASIC10.71□□□□□ -0.694e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 ZCRB1-204ENST00000552235 633 ntTSL 59.85□□□□□ -0.834e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 RBM25-211ENST00000532483 1052 ntTSL 55.92□□□□□ -1.462e-6■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 LINC01029-203ENST00000582805 788 ntTSL 1 (best)13.38□□□□□ -0.274e-7■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 NAP1L1-212ENST00000547993 2481 ntTSL 1 (best)5.76□□□□□ -1.496e-14■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 TPR-206ENST00000481347 2727 ntTSL 510.21□□□□□ -0.782e-6■□□□□ 11.2
CPSF6Q16630 TPR-201ENST00000367478 9708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.432e-6■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-212ENST00000483451 1119 ntTSL 518.81■□□□□ 0.61e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.591e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.581e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-203ENST00000462725 715 ntTSL 516.75■□□□□ 0.271e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-217ENST00000494502 757 ntTSL 510.85□□□□□ -0.671e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-211ENST00000481136 674 ntTSL 210.55□□□□□ -0.721e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-207ENST00000471885 764 ntTSL 5 BASIC10.36□□□□□ -0.751e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-209ENST00000475915 849 ntTSL 59.43□□□□□ -0.91e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-216ENST00000492396 814 ntTSL 5 BASIC9.43□□□□□ -0.91e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 HMMR-201ENST00000353866 2872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.32□□□□□ -0.921e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-205ENST00000464360 585 ntTSL 39.01□□□□□ -0.971e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-208ENST00000473645 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.91□□□□□ -0.981e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-215ENST00000492139 686 ntTSL 58.85□□□□□ -0.991e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-218ENST00000497056 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.22□□□□□ -1.091e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-210ENST00000479121 430 ntTSL 57.71□□□□□ -1.181e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-214ENST00000487947 716 ntTSL 5 BASIC7.59□□□□□ -1.191e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PDCD10-206ENST00000470131 1026 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.49□□□□□ -1.211e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 HMMR-204ENST00000432118 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.44□□□□□ -1.541e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 HMMR-202ENST00000358715 2988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.561e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 HMMR-203ENST00000393915 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.13□□□□□ -1.591e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.056e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-201ENST00000261182 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.6□□□□□ -0.236e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-206ENST00000544816 1597 ntTSL 2 BASIC11.42□□□□□ -0.586e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-210ENST00000547773 1967 ntTSL 5 BASIC11.06□□□□□ -0.646e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-226ENST00000552342 1526 ntTSL 5 BASIC11□□□□□ -0.656e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-205ENST00000542344 1675 ntTSL 2 BASIC10.82□□□□□ -0.686e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-203ENST00000431879 2031 ntTSL 2 BASIC10.01□□□□□ -0.816e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-216ENST00000549596 1838 ntTSL 2 BASIC9.89□□□□□ -0.836e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-213ENST00000548044 1339 ntTSL 5 BASIC9.4□□□□□ -0.96e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-225ENST00000552147 1009 ntTSL 57.68□□□□□ -1.186e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-208ENST00000547529 892 ntTSL 57.31□□□□□ -1.246e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-227ENST00000618691 13505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.58□□□□□ -1.366e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-224ENST00000552056 1981 ntTSL 55.75□□□□□ -1.496e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 NAP1L1-204ENST00000535020 1686 ntTSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.566e-14■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 TCERG1-207ENST00000507175 1984 ntTSL 217.71■□□□□ 0.435e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 TCERG1-202ENST00000394421 3633 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.72□□□□□ -0.535e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 TCERG1-201ENST00000296702 4654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.98□□□□□ -0.655e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 TCERG1-216ENST00000549332 3518 ntTSL 510.63□□□□□ -0.715e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 TCERG1-210ENST00000510724 583 ntTSL 37.74□□□□□ -1.175e-7■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 RSRP1-205ENST00000475766 525 ntTSL 49.31□□□□□ -0.924e-6■□□□□ 11.1
CPSF6Q16630 PPP4R3B-205ENST00000616288 4310 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.294e-6■□□□□ 11
CPSF6Q16630 PPP4R3B-206ENST00000616407 4385 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.34e-6■□□□□ 11
CPSF6Q16630 PPP4R3B-203ENST00000611717 5243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.314e-6■□□□□ 11
CPSF6Q16630 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.964e-7■□□□□ 11
CPSF6Q16630 ZC3HAV1-201ENST00000242351 7100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.18□□□□□ -0.465e-10■□□□□ 11
CPSF6Q16630 MIR17-201ENST00000385012 84 ntBASIC1.98□□□□□ -2.094e-12■□□□□ 11
CPSF6Q16630 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.851e-9■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.271e-9■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SRRM2-220ENST00000574593 1440 ntTSL 314.75□□□□□ -0.051e-9■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SRRM2-213ENST00000573311 732 ntTSL 213.92□□□□□ -0.181e-9■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SRRM2-210ENST00000572721 841 ntTSL 213.06□□□□□ -0.321e-9■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 SRRM2-211ENST00000572883 887 ntTSL 210.21□□□□□ -0.771e-9■□□□□ 10.9
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