Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 MALAT1-217ENST00000620902 352 ntTSL 3 BASIC11.62□□□□□ -0.551e-323■□□□□ 10.6
CPSF6Q16630 MALAT1-201ENST00000508832 1519 ntTSL 2 BASIC8.7□□□□□ -1.021e-323■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 MALAT1-208ENST00000616527 572 ntTSL 3 BASIC7.63□□□□□ -1.191e-323■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 MALAT1-214ENST00000618925 424 ntTSL 5 BASIC7.6□□□□□ -1.191e-323■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC14.18□□□□□ -0.146e-70■□□□□ 10.9
CPSF6Q16630 PTMA-206ENST00000412128 863 ntTSL 322.83■■□□□ 1.253e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.933e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-212ENST00000481928 1635 ntTSL 316.1■□□□□ 0.173e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-208ENST00000448874 1108 ntTSL 215.34■□□□□ 0.053e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-211ENST00000468027 621 ntTSL 1 (best)12.18□□□□□ -0.463e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-209ENST00000466801 784 ntTSL 510.61□□□□□ -0.713e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-204ENST00000409683 933 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC10.3□□□□□ -0.763e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-203ENST00000409321 735 ntTSL 3 BASIC9.92□□□□□ -0.823e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-202ENST00000409115 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.78□□□□□ -0.843e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 PTMA-201ENST00000341369 1212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.91□□□□□ -0.983e-61■□□□□ 9.8
CPSF6Q16630 MALAT1-202ENST00000534336 8708 ntBASIC9.06□□□□□ -0.964e-61■■□□□ 11.5
CPSF6Q16630 MALAT1-203ENST00000544868 480 ntTSL 3 BASIC7.58□□□□□ -1.26e-61■□□□□ 10.3
CPSF6Q16630 PTMA-210ENST00000467816 378 ntTSL 212.96□□□□□ -0.338e-61■□□□□ 9.6
CPSF6Q16630 MALAT1-204ENST00000610481 353 ntTSL 3 BASIC10.25□□□□□ -0.779e-60■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 NCL-210ENST00000494618 910 ntTSL 29.02□□□□□ -0.971e-55■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 HSP90AB1-202ENST00000371554 2674 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.87□□□□□ -0.834e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HSP90AB1-203ENST00000371646 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.37□□□□□ -0.914e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HSP90AB1-201ENST00000353801 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.984e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HSP90AB1-204ENST00000620073 2644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.46□□□□□ -1.054e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.17e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-205ENST00000511316 1841 ntTSL 212.27□□□□□ -0.447e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-201ENST00000296503 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.597e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 HMGB2-202ENST00000438704 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.62□□□□□ -1.197e-49■■■□□ 18.9
CPSF6Q16630 SNHG3-202ENST00000437681 2614 ntTSL 2 BASIC10.84□□□□□ -0.672e-48■■■■■ 54.4
CPSF6Q16630 NAP1L1-217ENST00000549988 544 ntTSL 311.27□□□□□ -0.612e-41■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 NAP1L1-220ENST00000551524 460 ntTSL 29.55□□□□□ -0.882e-39■□□□□ 10.1
CPSF6Q16630 AL034397.3-202ENST00000621933 1815 ntTSL 1 (best) BASIC7.72□□□□□ -1.173e-33■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 AL034397.3-201ENST00000618234 1690 ntTSL 1 (best)6.6□□□□□ -1.353e-33■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.052e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-201ENST00000394366 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.342e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-215ENST00000556587 1863 ntTSL 1 (best)12.33□□□□□ -0.442e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-205ENST00000553635 1412 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.552e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-212ENST00000556184 2443 ntTSL 1 (best)10.13□□□□□ -0.792e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-208ENST00000554929 947 ntTSL 29.87□□□□□ -0.832e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-217ENST00000557154 1500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9□□□□□ -0.972e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-211ENST00000555547 2057 ntTSL 58.45□□□□□ -1.062e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-216ENST00000556647 644 ntTSL 28.3□□□□□ -1.082e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 SRSF5-207ENST00000554465 3044 ntTSL 1 (best)7.8□□□□□ -1.162e-32■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 AC079466.1-201ENST00000587961 4453 ntTSL 2 BASIC9.19□□□□□ -0.941e-29■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 ANP32B-201ENST00000339399 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.513e-29■■■■□ 20
CPSF6Q16630 NCL-205ENST00000453992 964 ntTSL 418.34■□□□□ 0.533e-29■■□□□ 13.2
CPSF6Q16630 NCL-203ENST00000417652 568 ntTSL 46.53□□□□□ -1.363e-29■■□□□ 13.2
CPSF6Q16630 NCL-206ENST00000454824 606 ntTSL 36.53□□□□□ -1.363e-29■■□□□ 13.2
CPSF6Q16630 NCL-204ENST00000436894 562 ntTSL 45.88□□□□□ -1.473e-29■■□□□ 13.2
CPSF6Q16630 NCL-209ENST00000484328 369 ntTSL 26.13□□□□□ -1.435e-29■■□□□ 11.6
CPSF6Q16630 ATF7IP2-206ENST00000543967 998 ntTSL 2 BASIC9.3□□□□□ -0.926e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-203ENST00000396559 3641 ntTSL 2 BASIC6.6□□□□□ -1.356e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-204ENST00000396560 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6□□□□□ -1.456e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-201ENST00000324570 3396 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.556e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-215ENST00000568027 3406 ntTSL 1 (best)4.69□□□□□ -1.666e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-202ENST00000356427 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.12□□□□□ -1.756e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 HSP90AA1-210ENST00000560130 488 ntTSL 26.54□□□□□ -1.368e-29■■□□□ 14.3
CPSF6Q16630 TXNIP-204ENST00000582401 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.13□□□□□ -1.272e-28■■□□□ 12
CPSF6Q16630 G3BP1-202ENST00000394123 10240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.73□□□□□ -1.492e-27■■■□□ 16.9
CPSF6Q16630 PLD1-208ENST00000463281 694 ntTSL 48.82□□□□□ -16e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 PLD1-202ENST00000351298 5604 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.436e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 PLD1-203ENST00000356327 5855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.94□□□□□ -1.626e-25■■■■■ 32.7
CPSF6Q16630 SFPQ-201ENST00000357214 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.464e-24■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 SFPQ-202ENST00000460428 464 ntTSL 27.8□□□□□ -1.164e-24■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 SFPQ-206ENST00000470472 874 ntTSL 55.25□□□□□ -1.574e-24■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 FP671120.1-201ENST00000623664 2498 ntTSL 2 BASIC12.13□□□□□ -0.475e-24■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SERF2-211ENST00000430901 483 ntTSL 415.02■□□□□ -06e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.036e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-212ENST00000445816 2099 ntTSL 314.61□□□□□ -0.076e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.116e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-208ENST00000409617 700 ntTSL 214□□□□□ -0.176e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-206ENST00000409291 807 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.36e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 SERF2-213ENST00000448830 2792 ntTSL 213.09□□□□□ -0.316e-23■■■■□ 25.4
CPSF6Q16630 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.278e-23■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.218e-23■□□□□ 9.3
CPSF6Q16630 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.08□□□□□ -0.162e-22■■■■■ 34.8
CPSF6Q16630 METAP2-206ENST00000549136 388 ntTSL 26.27□□□□□ -1.418e-21■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 ATG7-201ENST00000354449 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.321e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-213ENST00000446450 2042 ntTSL 2 BASIC12.92□□□□□ -0.341e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-202ENST00000354956 2296 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.591e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-209ENST00000434066 553 ntTSL 58.89□□□□□ -0.991e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-207ENST00000424071 758 ntTSL 38.75□□□□□ -1.011e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-224ENST00000488924 570 ntTSL 47.23□□□□□ -1.251e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.441e-20■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 PPM1G-202ENST00000472077 3752 ntTSL 29.1□□□□□ -0.951e-20■□□□□ 9.4
CPSF6Q16630 ARMC8-221ENST00000491704 2777 ntTSL 5 BASIC11.98□□□□□ -0.498e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-223ENST00000538260 4728 ntTSL 2 BASIC10.82□□□□□ -0.688e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-204ENST00000461822 2221 ntTSL 2 BASIC10.65□□□□□ -0.78e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-217ENST00000481646 3043 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.718e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-218ENST00000485396 1920 ntTSL 2 BASIC9.12□□□□□ -0.958e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-210ENST00000469044 4790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.49□□□□□ -1.058e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-202ENST00000460495 2189 ntTSL 27.64□□□□□ -1.198e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-205ENST00000463485 1059 ntTSL 35.75□□□□□ -1.498e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.566e-19■□□□□ 8.1
CPSF6Q16630 CCT5-213ENST00000515390 1728 ntTSL 2 BASIC8.7□□□□□ -1.026e-19■□□□□ 8.1
CPSF6Q16630 CCT5-210ENST00000511995 1091 ntTSL 28.63□□□□□ -1.036e-19■□□□□ 8.1
CPSF6Q16630 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.391e-18■■■■■ 83.7
CPSF6Q16630 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.31e-18■■■■■ 83.7
CPSF6Q16630 HSF2-203ENST00000465214 642 ntTSL 25.94□□□□□ -1.461e-18■■■■■ 83.7
CPSF6Q16630 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.132e-18■□□□□ 9.9
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