Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 SON-203ENST00000381679 7860 ntTSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 154.9
CPSF6Q16630 SON-201ENST00000300278 7477 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.549e-8■■■■■ 140.4
CPSF6Q16630 SON-205ENST00000421541 1151 ntTSL 1 (best)7.71□□□□□ -1.189e-8■■■■■ 140.4
CPSF6Q16630 SON-208ENST00000455528 8394 ntTSL 1 (best)12.13□□□□□ -0.472e-7■■■■■ 112.2
CPSF6Q16630 SON-202ENST00000356577 8813 ntTSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.642e-7■■■■■ 112.2
CPSF6Q16630 SON-207ENST00000436227 5269 ntAPPRIS P1 TSL 58.43□□□□□ -1.062e-7■■■■■ 112.2
CPSF6Q16630 SON-204ENST00000381692 2463 ntTSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.652e-7■■■■■ 112.2
CPSF6Q16630 ZKSCAN8-201ENST00000330236 7376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.96□□□□□ -1.621e-6■■■■■ 100.6
CPSF6Q16630 ATG7-201ENST00000354449 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.321e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-213ENST00000446450 2042 ntTSL 2 BASIC12.92□□□□□ -0.341e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-202ENST00000354956 2296 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.591e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-209ENST00000434066 553 ntTSL 58.89□□□□□ -0.991e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-207ENST00000424071 758 ntTSL 38.75□□□□□ -1.011e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 ATG7-224ENST00000488924 570 ntTSL 47.23□□□□□ -1.251e-20■■■■■ 87.9
CPSF6Q16630 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.391e-18■■■■■ 83.7
CPSF6Q16630 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.31e-18■■■■■ 83.7
CPSF6Q16630 HSF2-203ENST00000465214 642 ntTSL 25.94□□□□□ -1.461e-18■■■■■ 83.7
CPSF6Q16630 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.081e-17■■■■■ 83.4
CPSF6Q16630 ARMC8-221ENST00000491704 2777 ntTSL 5 BASIC11.98□□□□□ -0.498e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-223ENST00000538260 4728 ntTSL 2 BASIC10.82□□□□□ -0.688e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-204ENST00000461822 2221 ntTSL 2 BASIC10.65□□□□□ -0.78e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-217ENST00000481646 3043 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.718e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-218ENST00000485396 1920 ntTSL 2 BASIC9.12□□□□□ -0.958e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-210ENST00000469044 4790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.49□□□□□ -1.058e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-202ENST00000460495 2189 ntTSL 27.64□□□□□ -1.198e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 ARMC8-205ENST00000463485 1059 ntTSL 35.75□□□□□ -1.498e-20■■■■■ 78.2
CPSF6Q16630 GALNT11-212ENST00000482812 580 ntTSL 421.82■■□□□ 1.082e-14■■■■■ 67.4
CPSF6Q16630 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.32e-14■■■■■ 67.4
CPSF6Q16630 GALNT11-210ENST00000447778 1231 ntTSL 516.16■□□□□ 0.182e-14■■■■■ 67.4
CPSF6Q16630 GALNT11-209ENST00000446096 521 ntTSL 316■□□□□ 0.152e-14■■■■■ 67.4
CPSF6Q16630 GALNT11-204ENST00000423337 580 ntTSL 314.36□□□□□ -0.112e-14■■■■■ 67.4
CPSF6Q16630 GALNT11-206ENST00000431668 626 ntTSL 313.86□□□□□ -0.192e-14■■■■■ 67.4
CPSF6Q16630 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.982e-8■■■■■ 66.8
CPSF6Q16630 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.322e-8■■■■■ 66.8
CPSF6Q16630 BRWD1-204ENST00000380800 7605 ntTSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.372e-8■■■■■ 66.8
CPSF6Q16630 BRWD1-203ENST00000342449 12929 ntTSL 1 (best) BASIC7.18□□□□□ -1.262e-8■■■■■ 66.8
CPSF6Q16630 AC083843.2-201ENST00000568248 6253 ntBASIC4.98□□□□□ -1.618e-10■■■■■ 61.9
CPSF6Q16630 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.192e-10■■■■■ 61.3
CPSF6Q16630 ICMT-203ENST00000489498 2612 ntTSL 1 (best)15.67■□□□□ 0.12e-10■■■■■ 61.3
CPSF6Q16630 TLK1-203ENST00000409443 2783 ntTSL 215.88■□□□□ 0.133e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-204ENST00000413010 603 ntTSL 515.44■□□□□ 0.063e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-202ENST00000360843 5726 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.323e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-205ENST00000431350 5663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.363e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-201ENST00000359766 4321 ntTSL 510.68□□□□□ -0.73e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-211ENST00000486857 715 ntTSL 39.14□□□□□ -0.953e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-207ENST00000453628 539 ntTSL 47.46□□□□□ -1.223e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-212ENST00000521943 2605 ntTSL 2 BASIC4.57□□□□□ -1.683e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 TLK1-206ENST00000434911 2156 ntTSL 2 BASIC4.37□□□□□ -1.713e-12■■■■■ 54.6
CPSF6Q16630 SNHG3-202ENST00000437681 2614 ntTSL 2 BASIC10.84□□□□□ -0.672e-48■■■■■ 54.4
CPSF6Q16630 ATF7IP2-206ENST00000543967 998 ntTSL 2 BASIC9.3□□□□□ -0.926e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-203ENST00000396559 3641 ntTSL 2 BASIC6.6□□□□□ -1.356e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-204ENST00000396560 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6□□□□□ -1.456e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-201ENST00000324570 3396 ntTSL 5 BASIC5.36□□□□□ -1.556e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-215ENST00000568027 3406 ntTSL 1 (best)4.69□□□□□ -1.666e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 ATF7IP2-202ENST00000356427 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.12□□□□□ -1.756e-29■■■■■ 49.9
CPSF6Q16630 NCBP3-201ENST00000389005 12770 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.98□□□□□ -1.134e-8■■■■■ 49.3
CPSF6Q16630 JMJD1C-211ENST00000633035 499 ntTSL 315.57■□□□□ 0.088e-12■■■■■ 49
CPSF6Q16630 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.048e-12■■■■■ 49
CPSF6Q16630 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.554e-8■■■■■ 48.9
CPSF6Q16630 ARID4B-211ENST00000474953 3463 ntTSL 212.6□□□□□ -0.396e-13■■■■■ 47
CPSF6Q16630 RSBN1L-201ENST00000334955 6422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.264e-8■■■■■ 46.4
CPSF6Q16630 RSBN1L-203ENST00000445288 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.88□□□□□ -0.834e-8■■■■■ 46.4
CPSF6Q16630 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.62e-12■■■■■ 46.2
CPSF6Q16630 AL139260.2-201ENST00000622355 2171 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.138e-12■■■■■ 44.6
CPSF6Q16630 MYCBP-201ENST00000397572 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.318e-12■■■■■ 44.6
CPSF6Q16630 SCAF4-202ENST00000399804 4127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.172e-9■■■■■ 44.3
CPSF6Q16630 SCAF4-201ENST00000286835 4193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.292e-9■■■■■ 44.3
CPSF6Q16630 SCAF4-203ENST00000434667 3846 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.22□□□□□ -0.772e-9■■■■■ 44.3
CPSF6Q16630 ANKHD1-207ENST00000421134 4814 ntTSL 518.55■□□□□ 0.563e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.063e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.033e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 ANKHD1-203ENST00000360839 8221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.76□□□□□ -0.213e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 ANKHD1-218ENST00000506755 522 ntTSL 38.65□□□□□ -1.023e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 ANKHD1-206ENST00000412116 1826 ntTSL 57.29□□□□□ -1.243e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 ANKHD1-201ENST00000246149 2062 ntTSL 27.23□□□□□ -1.253e-11■■■■■ 42.8
CPSF6Q16630 MFAP1-201ENST00000267812 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.582e-11■■■■■ 42.5
CPSF6Q16630 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.42e-9■■■■■ 42.4
CPSF6Q16630 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.222e-9■■■■■ 42.4
CPSF6Q16630 BTBD1-204ENST00000559652 797 ntTSL 37.24□□□□□ -1.252e-9■■■■■ 42.4
CPSF6Q16630 KIF4A-201ENST00000374403 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.66□□□□□ -1.181e-6■■■■■ 41.7
CPSF6Q16630 FP236383.1-201ENST00000623860 2498 ntTSL 2 BASIC12.13□□□□□ -0.474e-9■■■■■ 41.4
CPSF6Q16630 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 40.8
CPSF6Q16630 IWS1-203ENST00000412979 441 ntTSL 311.04□□□□□ -0.641e-10■■■■■ 40
CPSF6Q16630 IWS1-212ENST00000637187 1021 ntTSL 56.38□□□□□ -1.391e-10■■■■■ 40
CPSF6Q16630 C14orf159-227ENST00000523576 860 ntTSL 313.88□□□□□ -0.196e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-205ENST00000517306 2294 ntTSL 1 (best)13.22□□□□□ -0.296e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-203ENST00000412671 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.4□□□□□ -0.426e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-219ENST00000521077 2719 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.456e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-226ENST00000523461 2435 ntTSL 211.37□□□□□ -0.596e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-234ENST00000525393 2471 ntTSL 5 BASIC11.33□□□□□ -0.66e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-201ENST00000256324 2967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.04□□□□□ -0.646e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-204ENST00000428926 2538 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC10.84□□□□□ -0.676e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-230ENST00000523837 2814 ntTSL 510.59□□□□□ -0.716e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-229ENST00000523816 2764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.716e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-223ENST00000522322 2856 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.726e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-217ENST00000520328 2687 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.796e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-228ENST00000523771 2976 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.86□□□□□ -0.836e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 C14orf159-211ENST00000518868 3075 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.36□□□□□ -0.916e-7■■■■■ 39.5
CPSF6Q16630 RCC1-210ENST00000434290 1070 ntTSL 512.82□□□□□ -0.367e-16■■■■■ 39.3
CPSF6Q16630 RCC1-207ENST00000427469 903 ntTSL 512.14□□□□□ -0.477e-16■■■■■ 39.3
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