Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TREX1Q9NSU2 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
TREX1Q9NSU2 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
TREX1Q9NSU2 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TREX1Q9NSU2 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms