RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000425836.6

VEGFA-209, Transcript of vascular endothelial growth factor A, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene VEGFA, Length 1,575 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VEGFA-209ENST00000425836 NISCHQ9Y2I1 1504 aa58.63■■■■■ 6.98
VEGFA-209ENST00000425836 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa51.79■■■■■ 5.88
VEGFA-209ENST00000425836 ABCC9O60706 1549 aa50.42■■■■■ 5.66
VEGFA-209ENST00000425836 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP48.93■■■■■ 5.42
VEGFA-209ENST00000425836 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.91■■■■■ 5.42
VEGFA-209ENST00000425836 NACADO15069 1562 aa48.68■■■■■ 5.38
VEGFA-209ENST00000425836 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa48.61■■■■■ 5.37
VEGFA-209ENST00000425836 MYO15BQ96JP2 1530 aa48.54■■■■■ 5.36
VEGFA-209ENST00000425836 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa48.5■■■■■ 5.35
VEGFA-209ENST00000425836 UNC13AQ9UPW8 1703 aa47.4■■■■■ 5.18
VEGFA-209ENST00000425836 SCRIBQ14160 1630 aa47.38■■■■■ 5.18
VEGFA-209ENST00000425836 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP47.28■■■■■ 5.16
VEGFA-209ENST00000425836 BICRAQ9NZM4 1560 aa47.16■■■■■ 5.14
VEGFA-209ENST00000425836 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa46.66■■■■■ 5.06
VEGFA-209ENST00000425836 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.98■■■■■ 4.95
VEGFA-209ENST00000425836 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP45.87■■■■■ 4.93
VEGFA-209ENST00000425836 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.68■■■■■ 4.9
VEGFA-209ENST00000425836 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa45.57■■■■■ 4.89
VEGFA-209ENST00000425836 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP45.38■■■■■ 4.85
VEGFA-209ENST00000425836 SMARCA4P51532 1647 aa45.34■■■■■ 4.85
VEGFA-209ENST00000425836 MROH2BQ7Z745 1585 aa45.21■■■■■ 4.83
VEGFA-209ENST00000425836 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa45.07■■■■■ 4.81
VEGFA-209ENST00000425836 NCAPD3P42695 1498 aa44.97■■■■■ 4.79
VEGFA-209ENST00000425836 SMARCA2P51531 1590 aa44.97■■■■■ 4.79
VEGFA-209ENST00000425836 PEG3Q9GZU2 1588 aa44.9■■■■■ 4.78
VEGFA-209ENST00000425836 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP44.89■■■■■ 4.78
VEGFA-209ENST00000425836 HMGXB3Q12766 1538 aa44.72■■■■■ 4.75
VEGFA-209ENST00000425836 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP44.69■■■■■ 4.75
VEGFA-209ENST00000425836 WIZO95785 1651 aa44.69■■■■■ 4.74
VEGFA-209ENST00000425836 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP44.25■■■■■ 4.67
VEGFA-209ENST00000425836 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP44.14■■■■■ 4.66
VEGFA-209ENST00000425836 CCDC88BA6NC98 1476 aa43.8■■■■■ 4.6
VEGFA-209ENST00000425836 NESP48681 1621 aa43.76■■■■■ 4.6
VEGFA-209ENST00000425836 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.72■■■■■ 4.59
VEGFA-209ENST00000425836 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa43.64■■■■■ 4.58
VEGFA-209ENST00000425836 CFTRP13569 1480 aa43.52■■■■■ 4.56
VEGFA-209ENST00000425836 PDS5BQ9NTI5 1447 aa43.4■■■■■ 4.54
VEGFA-209ENST00000425836 ERCC6Q03468 1493 aa43.4■■■■■ 4.54
VEGFA-209ENST00000425836 FANCD2Q9BXW9 1451 aa43.18■■■■■ 4.5
VEGFA-209ENST00000425836 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa43.13■■■■■ 4.49
VEGFA-209ENST00000425836 CEP164Q9UPV0 1460 aa43.06■■■■■ 4.48
VEGFA-209ENST00000425836 PRDM2Q13029 1718 aa43■■■■■ 4.47
VEGFA-209ENST00000425836 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP42.92■■■■■ 4.46
VEGFA-209ENST00000425836 MRC2Q9UBG0 1479 aa42.91■■■■■ 4.46
VEGFA-209ENST00000425836 CUX2O14529 1486 aa42.76■■■■■ 4.43
VEGFA-209ENST00000425836 WDR62O43379 1518 aa42.73■■■■■ 4.43
VEGFA-209ENST00000425836 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.73■■■■■ 4.43
VEGFA-209ENST00000425836 TOPBP1Q92547 1522 aa42.53■■■■■ 4.4
VEGFA-209ENST00000425836 ABCC8Q09428 1581 aa42.52■■■■■ 4.4
VEGFA-209ENST00000425836 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.47■■■■■ 4.39
VEGFA-209ENST00000425836 CUX1P39880 1505 aa42.38■■■■■ 4.37
VEGFA-209ENST00000425836 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP42.29■■■■■ 4.361e-6■■■■□ 26.4
VEGFA-209ENST00000425836 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.2■■■■■ 4.35
VEGFA-209ENST00000425836 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42.16■■■■■ 4.34
VEGFA-209ENST00000425836 IFT140Q96RY7 1462 aa42.15■■■■■ 4.34
VEGFA-209ENST00000425836 SYNJ1O43426 1573 aa42.12■■■■■ 4.33
VEGFA-209ENST00000425836 TOP2BQ02880 1626 aa42.08■■■■■ 4.33
VEGFA-209ENST00000425836 SOGA1O94964 1423 aa42.07■■■■■ 4.32
VEGFA-209ENST00000425836 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa42.05■■■■■ 4.32
VEGFA-209ENST00000425836 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa42.04■■■■■ 4.32
VEGFA-209ENST00000425836 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.98■■■■■ 4.31
VEGFA-209ENST00000425836 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.96■■■■■ 4.31
VEGFA-209ENST00000425836 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.81■■■■■ 4.28
VEGFA-209ENST00000425836 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.8■■■■■ 4.281e-8■■■■■ 26.8
VEGFA-209ENST00000425836 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa41.78■■■■■ 4.28
VEGFA-209ENST00000425836 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.72■■■■■ 4.27
VEGFA-209ENST00000425836 WDR97A6NE52 1622 aa41.68■■■■■ 4.26
VEGFA-209ENST00000425836 TRIM41Q8WV44 630 aa41.65■■■■■ 4.26
VEGFA-209ENST00000425836 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.57■■■■■ 4.24
VEGFA-209ENST00000425836 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa41.51■■■■■ 4.24
VEGFA-209ENST00000425836 GRIN2BQ13224 1484 aa41.5■■■■■ 4.23
VEGFA-209ENST00000425836 CHIC1Q5VXU3 224 aa41.46■■■■■ 4.23
VEGFA-209ENST00000425836 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa41.38■■■■■ 4.21
VEGFA-209ENST00000425836 KIF27Q86VH2 1401 aa41.37■■■■■ 4.21
VEGFA-209ENST00000425836 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP41.31■■■■■ 4.2
VEGFA-209ENST00000425836 PBRM1Q86U86 1689 aa41.31■■■■■ 4.2
VEGFA-209ENST00000425836 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.26■■■■■ 4.2
VEGFA-209ENST00000425836 FBLN2P98095 1184 aa41.23■■■■■ 4.19
VEGFA-209ENST00000425836 IGF1RP08069 1367 aa41.2■■■■■ 4.19
VEGFA-209ENST00000425836 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP41.18■■■■■ 4.18
VEGFA-209ENST00000425836 SYNJ2O15056 1496 aa41.17■■■■■ 4.18
VEGFA-209ENST00000425836 OSCARQ8IYS5 282 aa41.16■■■■■ 4.18
VEGFA-209ENST00000425836 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa41.16■■■■■ 4.18
VEGFA-209ENST00000425836 FHAD1B1AJZ9 1412 aa41.11■■■■■ 4.17
VEGFA-209ENST00000425836 ADAMTS12P58397 1594 aa41.08■■■■■ 4.17
VEGFA-209ENST00000425836 CHD1O14646 1710 aa41.05■■■■■ 4.16
VEGFA-209ENST00000425836 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.03■■■■■ 4.16
VEGFA-209ENST00000425836 GRIN2AQ12879 1464 aa40.95■■■■■ 4.15
VEGFA-209ENST00000425836 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa40.95■■■■■ 4.15
VEGFA-209ENST00000425836 CUL7Q14999 1698 aa40.9■■■■■ 4.14
VEGFA-209ENST00000425836 EEA1Q15075 1411 aa40.84■■■■■ 4.13
VEGFA-209ENST00000425836 CSRNP3Q8WYN3 585 aa40.82■■■■■ 4.12
VEGFA-209ENST00000425836 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP40.79■■■■■ 4.12
VEGFA-209ENST00000425836 NUP160Q12769 1436 aa40.78■■■■■ 4.12
VEGFA-209ENST00000425836 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa40.72■■■■■ 4.11
VEGFA-209ENST00000425836 CEP170Q5SW79 1584 aa40.71■■■■■ 4.11
VEGFA-209ENST00000425836 CLASP1Q7Z460 1538 aa40.7■■■■■ 4.11
VEGFA-209ENST00000425836 PRXQ9BXM0 1461 aa40.7■■■■■ 4.11
VEGFA-209ENST00000425836 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa40.49■■■■■ 4.07
VEGFA-209ENST00000425836 JPH4Q96JJ6 628 aa40.43■■■■■ 4.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 111.7 ms