Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SYNGAP1Q96PV0 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SYNGAP1Q96PV0 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
SYNGAP1Q96PV0 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNGAP1Q96PV0 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
SYNGAP1Q96PV0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
SYNGAP1Q96PV0 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
SYNGAP1Q96PV0 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNGAP1Q96PV0 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNGAP1Q96PV0 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms