Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
SMARCA1P28370 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
SMARCA1P28370 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
SMARCA1P28370 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
SMARCA1P28370 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
SMARCA1P28370 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms