Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
TRIM40Q6P9F5 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
TRIM40Q6P9F5 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TRIM40Q6P9F5 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TRIM40Q6P9F5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.9 ms