Protein–RNA interactions for Protein: Q96A99

PTX4, Pentraxin-4, humanhuman

Predictions only

Length 478 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX4Q96A99 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
PTX4Q96A99 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
PTX4Q96A99 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
PTX4Q96A99 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
PTX4Q96A99 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms