Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USF3Q68DE3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USF3Q68DE3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USF3Q68DE3 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.6 ms