Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SMARCA1P28370 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SMARCA1P28370 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SMARCA1P28370 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.28
SMARCA1P28370 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SMARCA1P28370 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms