Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXE4

SMPD4, Sphingomyelin phosphodiesterase 4, humanhuman

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD4Q9NXE4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SMPD4Q9NXE4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SMPD4Q9NXE4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SMPD4Q9NXE4 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMPD4Q9NXE4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMPD4Q9NXE4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms