Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP4Q13107 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP4Q13107 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP4Q13107 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP4Q13107 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP4Q13107 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
USP4Q13107 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP4Q13107 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP4Q13107 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP4Q13107 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP4Q13107 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP4Q13107 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
USP4Q13107 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP4Q13107 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP4Q13107 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP4Q13107 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP4Q13107 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP4Q13107 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP4Q13107 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP4Q13107 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP4Q13107 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP4Q13107 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP4Q13107 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP4Q13107 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
USP4Q13107 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP4Q13107 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
USP4Q13107 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
USP4Q13107 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
USP4Q13107 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
USP4Q13107 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP4Q13107 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
USP4Q13107 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP4Q13107 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
USP4Q13107 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
USP4Q13107 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
USP4Q13107 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms