Protein–RNA interactions for Protein: P17096

HMGA1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGA1P17096 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
HMGA1P17096 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.95■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HMGA1P17096 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
HMGA1P17096 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HMGA1P17096 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms