Protein–RNA interactions for Protein: P58304

VSX2, Visual system homeobox 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX2P58304 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
VSX2P58304 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VSX2P58304 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VSX2P58304 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VSX2P58304 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VSX2P58304 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VSX2P58304 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VSX2P58304 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VSX2P58304 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VSX2P58304 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VSX2P58304 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VSX2P58304 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VSX2P58304 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VSX2P58304 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VSX2P58304 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VSX2P58304 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VSX2P58304 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VSX2P58304 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VSX2P58304 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VSX2P58304 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
VSX2P58304 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VSX2P58304 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VSX2P58304 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
VSX2P58304 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
VSX2P58304 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VSX2P58304 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
VSX2P58304 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VSX2P58304 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
VSX2P58304 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VSX2P58304 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
VSX2P58304 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VSX2P58304 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
VSX2P58304 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
VSX2P58304 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
VSX2P58304 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
VSX2P58304 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VSX2P58304 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VSX2P58304 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
VSX2P58304 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VSX2P58304 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VSX2P58304 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VSX2P58304 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VSX2P58304 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
VSX2P58304 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
VSX2P58304 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
VSX2P58304 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VSX2P58304 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VSX2P58304 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VSX2P58304 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VSX2P58304 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
VSX2P58304 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
VSX2P58304 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
VSX2P58304 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VSX2P58304 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VSX2P58304 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VSX2P58304 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VSX2P58304 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VSX2P58304 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VSX2P58304 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VSX2P58304 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VSX2P58304 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VSX2P58304 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VSX2P58304 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VSX2P58304 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VSX2P58304 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VSX2P58304 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VSX2P58304 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VSX2P58304 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VSX2P58304 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VSX2P58304 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VSX2P58304 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VSX2P58304 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VSX2P58304 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VSX2P58304 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
VSX2P58304 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VSX2P58304 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VSX2P58304 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VSX2P58304 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VSX2P58304 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VSX2P58304 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VSX2P58304 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VSX2P58304 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VSX2P58304 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VSX2P58304 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VSX2P58304 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VSX2P58304 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VSX2P58304 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VSX2P58304 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VSX2P58304 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VSX2P58304 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VSX2P58304 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VSX2P58304 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VSX2P58304 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VSX2P58304 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VSX2P58304 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
VSX2P58304 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VSX2P58304 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VSX2P58304 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VSX2P58304 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VSX2P58304 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms