Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
MSH3P20585 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
MSH3P20585 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSH3P20585 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSH3P20585 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSH3P20585 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
MSH3P20585 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
MSH3P20585 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
MSH3P20585 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSH3P20585 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSH3P20585 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
MSH3P20585 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
MSH3P20585 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
MSH3P20585 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH3P20585 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH3P20585 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
MSH3P20585 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH3P20585 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH3P20585 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH3P20585 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH3P20585 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
MSH3P20585 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH3P20585 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH3P20585 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
MSH3P20585 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSH3P20585 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
MSH3P20585 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
MSH3P20585 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH3P20585 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH3P20585 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH3P20585 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH3P20585 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH3P20585 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
MSH3P20585 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH3P20585 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH3P20585 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH3P20585 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
MSH3P20585 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
MSH3P20585 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
MSH3P20585 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
MSH3P20585 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH3P20585 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH3P20585 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH3P20585 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH3P20585 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH3P20585 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
MSH3P20585 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
MSH3P20585 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
MSH3P20585 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH3P20585 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH3P20585 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
MSH3P20585 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH3P20585 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH3P20585 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
MSH3P20585 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH3P20585 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH3P20585 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH3P20585 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH3P20585 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH3P20585 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
MSH3P20585 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
MSH3P20585 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH3P20585 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH3P20585 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH3P20585 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH3P20585 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH3P20585 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
MSH3P20585 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH3P20585 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH3P20585 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH3P20585 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
MSH3P20585 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH3P20585 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH3P20585 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH3P20585 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
MSH3P20585 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
MSH3P20585 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSH3P20585 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSH3P20585 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSH3P20585 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
MSH3P20585 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.8 ms