Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SP140Q13342 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SP140Q13342 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SP140Q13342 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SP140Q13342 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SP140Q13342 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SP140Q13342 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SP140Q13342 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SP140Q13342 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SP140Q13342 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SP140Q13342 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SP140Q13342 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
SP140Q13342 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SP140Q13342 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SP140Q13342 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SP140Q13342 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SP140Q13342 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SP140Q13342 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SP140Q13342 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SP140Q13342 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SP140Q13342 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SP140Q13342 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SP140Q13342 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SP140Q13342 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SP140Q13342 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SP140Q13342 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SP140Q13342 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SP140Q13342 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SP140Q13342 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SP140Q13342 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SP140Q13342 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SP140Q13342 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SP140Q13342 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SP140Q13342 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SP140Q13342 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SP140Q13342 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SP140Q13342 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SP140Q13342 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SP140Q13342 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SP140Q13342 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SP140Q13342 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SP140Q13342 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SP140Q13342 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SP140Q13342 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SP140Q13342 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SP140Q13342 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SP140Q13342 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SP140Q13342 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
SP140Q13342 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SP140Q13342 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SP140Q13342 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SP140Q13342 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SP140Q13342 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SP140Q13342 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SP140Q13342 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SP140Q13342 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SP140Q13342 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SP140Q13342 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SP140Q13342 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SP140Q13342 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SP140Q13342 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SP140Q13342 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SP140Q13342 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SP140Q13342 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SP140Q13342 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SP140Q13342 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SP140Q13342 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SP140Q13342 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SP140Q13342 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SP140Q13342 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SP140Q13342 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SP140Q13342 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SP140Q13342 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SP140Q13342 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SP140Q13342 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SP140Q13342 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SP140Q13342 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SP140Q13342 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SP140Q13342 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SP140Q13342 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SP140Q13342 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SP140Q13342 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SP140Q13342 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SP140Q13342 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SP140Q13342 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SP140Q13342 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SP140Q13342 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SP140Q13342 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SP140Q13342 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SP140Q13342 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SP140Q13342 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
SP140Q13342 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SP140Q13342 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SP140Q13342 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
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