Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CHD3Q12873 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CHD3Q12873 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD3Q12873 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
CHD3Q12873 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHD3Q12873 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
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