Protein–RNA interactions for Protein: H3BSU7

TMX2-CTNND1, TMX2-CTNND1 readthrough (NMD candidate), humanhuman

Predictions only

Length 103 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMX2-CTNND1H3BSU7 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
TMX2-CTNND1H3BSU7 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
TMX2-CTNND1H3BSU7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TMX2-CTNND1H3BSU7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TMX2-CTNND1H3BSU7 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TMX2-CTNND1H3BSU7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
TMX2-CTNND1H3BSU7 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
TMX2-CTNND1H3BSU7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms