Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC32.01■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.97■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC31.96■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC31.95■■■□□ 2.71
BRPF3Q9ULD4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC31.94■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC31.9■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
BRPF3Q9ULD4 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC31.88■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC31.86■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.86■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
BRPF3Q9ULD4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.79■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC31.79■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
BRPF3Q9ULD4 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC31.76■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC31.75■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC31.71■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
BRPF3Q9ULD4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC31.66■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.64■■■□□ 2.66
BRPF3Q9ULD4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC31.61■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.65
BRPF3Q9ULD4 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC31.57■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.54■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
BRPF3Q9ULD4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
BRPF3Q9ULD4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms