Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXB0

MKS1, Meckel syndrome type 1 protein, humanhuman

Predictions only

Length 559 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MKS1Q9NXB0 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
MKS1Q9NXB0 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
MKS1Q9NXB0 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
MKS1Q9NXB0 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
MKS1Q9NXB0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
MKS1Q9NXB0 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
MKS1Q9NXB0 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
MKS1Q9NXB0 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
MKS1Q9NXB0 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
MKS1Q9NXB0 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
MKS1Q9NXB0 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.5 ms