Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC30.91■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC30.89■■■□□ 2.54
TRERF1Q96PN7 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC30.88■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.87■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.86■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC30.84■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.53
TRERF1Q96PN7 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TRERF1Q96PN7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.75■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.74■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.73■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC30.72■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC30.71■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
TRERF1Q96PN7 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC30.68■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TRERF1Q96PN7 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
TRERF1Q96PN7 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
TRERF1Q96PN7 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
TRERF1Q96PN7 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
TRERF1Q96PN7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
TRERF1Q96PN7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.5■■■□□ 2.47
TRERF1Q96PN7 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TRERF1Q96PN7 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
TRERF1Q96PN7 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms