Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PRPF39Q86UA1 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PRPF39Q86UA1 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PRPF39Q86UA1 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PRPF39Q86UA1 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PRPF39Q86UA1 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
PRPF39Q86UA1 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
PRPF39Q86UA1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
PRPF39Q86UA1 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
PRPF39Q86UA1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
PRPF39Q86UA1 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
PRPF39Q86UA1 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83 ms