Protein–RNA interactions for Protein: Q6NUP7

PPP4R4, Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PPP4R4Q6NUP7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PPP4R4Q6NUP7 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
PPP4R4Q6NUP7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
PPP4R4Q6NUP7 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PPP4R4Q6NUP7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
PPP4R4Q6NUP7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.99■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
PPP4R4Q6NUP7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
PPP4R4Q6NUP7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms