Protein–RNA interactions for Protein: P23246

SFPQ, Splicing factor, proline- and glutamine-rich, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 707 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SFPQP23246 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.718e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.598e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-212ENST00000607471 2004 ntTSL 1 (best)18.35■□□□□ 0.538e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.468e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.388e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-205ENST00000586017 1403 ntTSL 1 (best)16.52■□□□□ 0.238e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-210ENST00000606248 3181 ntTSL 1 (best)16.17■□□□□ 0.188e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-202ENST00000312090 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.138e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-211ENST00000606828 599 ntTSL 1 (best)15.27■□□□□ 0.048e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 MED16-204ENST00000395808 3420 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.028e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.329e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.229e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 FAM207A-203ENST00000458015 643 ntTSL 522.37■■□□□ 1.179e-7■■■■□ 25.8
SFPQP23246 ANP32A-208ENST00000495420 707 ntTSL 219.36■□□□□ 0.698e-7■■■■□ 25.6
SFPQP23246 ANP32A-202ENST00000409628 2001 ntTSL 517.4■□□□□ 0.388e-7■■■■□ 25.6
SFPQP23246 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.348e-7■■■■□ 25.6
SFPQP23246 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.158e-7■■■■□ 25.6
SFPQP23246 AL033504.1-201ENST00000427015 773 ntTSL 2 BASIC4.26□□□□□ -1.733e-6■■■■□ 25.6
SFPQP23246 BCOR-207ENST00000412952 288 ntTSL 514.63□□□□□ -0.073e-6■■■■□ 25.3
SFPQP23246 BCOR-201ENST00000342274 6390 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.76□□□□□ -0.533e-6■■■■□ 25.3
SFPQP23246 BCOR-206ENST00000406200 4216 ntTSL 210.89□□□□□ -0.673e-6■■■■□ 25.3
SFPQP23246 BCOR-203ENST00000378455 6338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.753e-6■■■■□ 25.3
SFPQP23246 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.258e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.178e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.118e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-214ENST00000460905 715 ntTSL 525.68■■□□□ 1.78e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VAPA-205ENST00000578314 532 ntTSL 325.64■■□□□ 1.78e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.638e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 C7orf50-204ENST00000412051 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 223.96■■□□□ 1.438e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.418e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-204ENST00000427463 582 ntTSL 323.56■■□□□ 1.368e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-210ENST00000482726 538 ntTSL 423.56■■□□□ 1.368e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.248e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 HDGF-209ENST00000495212 744 ntTSL 322.31■■□□□ 1.168e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PLEC-213ENST00000528025 2115 ntTSL 522.27■■□□□ 1.158e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 HDGF-205ENST00000469145 844 ntTSL 222.01■■□□□ 1.118e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.088e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.088e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 IL4I1-208ENST00000601717 2261 ntTSL 1 (best)21.64■■□□□ 1.068e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-225ENST00000490803 1865 ntTSL 1 (best)21.63■■□□□ 1.058e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.038e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.958e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.958e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-221ENST00000470987 1954 ntTSL 1 (best)20.96■□□□□ 0.958e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PLEC-214ENST00000528131 564 ntTSL 320.92■□□□□ 0.948e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.928e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-227ENST00000495521 1565 ntTSL 1 (best)20.8■□□□□ 0.928e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.98e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-216ENST00000462571 1784 ntTSL 1 (best)20.64■□□□□ 0.98e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.868e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.868e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-205ENST00000430644 2621 ntTSL 220.34■□□□□ 0.858e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.838e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-215ENST00000460989 1521 ntTSL 1 (best)20.13■□□□□ 0.818e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-209ENST00000475288 604 ntTSL 320.07■□□□□ 0.88e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.788e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.788e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.778e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.748e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-220ENST00000468805 1721 ntTSL 1 (best)19.22■□□□□ 0.678e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.678e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.658e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-203ENST00000419774 589 ntTSL 519■□□□□ 0.638e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 C7orf50-206ENST00000465681 2621 ntTSL 1 (best)18.95■□□□□ 0.628e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 IL4I1-206ENST00000596022 747 ntTSL 218.87■□□□□ 0.618e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PLEC-209ENST00000526416 583 ntTSL 318.76■□□□□ 0.598e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MIR193BHG-208ENST00000641175 619 nt18.73■□□□□ 0.598e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MIR193BHG-201ENST00000570945 3219 ntTSL 318.68■□□□□ 0.588e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PCGF3-211ENST00000484141 566 ntTSL 218.61■□□□□ 0.578e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-228ENST00000497805 1908 ntTSL 1 (best)18.37■□□□□ 0.538e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.488e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VAPA-204ENST00000577901 917 ntTSL 217.83■□□□□ 0.448e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.448e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.418e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-219ENST00000467403 1661 ntTSL 1 (best)17.58■□□□□ 0.418e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 NUP62-204ENST00000594673 564 ntTSL 517.57■□□□□ 0.48e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.48e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 HDGF-204ENST00000465180 2060 ntTSL 1 (best)17.47■□□□□ 0.398e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 NUP62-206ENST00000595463 563 ntTSL 417.34■□□□□ 0.378e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PLEC-215ENST00000532346 316 ntTSL 317.13■□□□□ 0.338e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.338e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 C7orf50-205ENST00000444428 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 317.08■□□□□ 0.328e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 TNS1-216ENST00000480665 758 ntTSL 216.87■□□□□ 0.298e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VAPA-209ENST00000585042 567 ntTSL 416.87■□□□□ 0.298e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 NUP62-219ENST00000599830 588 ntTSL 416.72■□□□□ 0.278e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MED15-211ENST00000433831 3267 ntTSL 516.71■□□□□ 0.268e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MED15-203ENST00000382974 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.258e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.258e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 EGLN3-208ENST00000551935 575 ntTSL 416.43■□□□□ 0.228e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.218e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.178e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MED15-204ENST00000406969 3210 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.178e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.138e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 MIR193BHG-211ENST00000641433 5365 ntBASIC15.79■□□□□ 0.128e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PDE9A-202ENST00000328862 1956 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.18e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 TNS1-204ENST00000413554 1478 ntTSL 515.65■□□□□ 0.18e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 TNS1-210ENST00000446903 2464 ntTSL 1 (best)15.61■□□□□ 0.098e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 PPARG-205ENST00000397010 2017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.038e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 TNS1-205ENST00000419504 5921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.038e-6■■■■□ 25.1
SFPQP23246 TNS1-207ENST00000430930 5900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.038e-6■■■■□ 25.1
Retrieved 100 of 4,991 protein–RNA pairs in 100.1 ms